Иоанно-Богословский храм, господствующий над местностью, сразу проектировался как сооружение доминантное, и в нем все подчинялось этой задаче. Основную часть здания составлял стройный четверик, лишенный приделов и завершенный шатровым перекрытием; на шатер неизвестные зодчие поставили один на другой два восьмерика – световой барабан и главку, увенчанную луковицей с крестом. В результате получилось нечто среднее между башней и церковью, при этом зодчие позаботились о том, чтобы незаметно, но эффектно скрасить однообразие конструкции. Во-первых, авторы этого выдающегося здания ушли от квадрата и заложили храм в виде несколько вытянутого прямоугольника: на восточном фасаде умещались в ряд три окна, на южном и северном – по четыре. Однако асимметрия не повлияла на ключевое значение парадного западного фасада с входной дверью, прорубленной над подклетью, и с крыльцом, имевшим большие размеры и фигурные формы. Чтобы сдержать излишнюю легкость уносящейся ввысь узкой стены, зодчие на западном фасаде убрали крупные окна первого света, подчеркнув таким образом фундаментальность и прочность сооружения. Второй и третий свет имели то же самое архитектурное оформление, как и окна на остальных фасадах. Общее осмысление всего здания сводилось к двум задачам – следовало «выбросить» храм в небо и в то же время удержать его на земле. С подобными проблемами сталкивались все зодчие, бравшиеся за возведение церквей, но из многочисленных и проверенных практикой методов в каждом конкретном случае архитекторы избирали наиболее приемлемые. Самыми распространенными приемами были следующие: чтобы зрительно увеличить высоту здания, его фасады членились по высоте на части пилястрами или полуколоннами, а чтобы удержать строение у земли, оно делилось по горизонтали карнизами. Именно это и применили авторы Иоанно-Богословского храма. При помощи ордерной системы они разбили западный фасад на три вертикальных сектора (интерколюмния), а северный и южный - на четыре. Каждому интерколюмнию соответствовало окно, а так как по горизонтали плоскость стен разбивалась на три части, то в каждом интерколюмнии имелось по три окна, расположенных одно над другим. Но это – решение стандартное. Нестандартным было то, что зодчие, спланировавшие три яруса храма, сохранили одинаковую ширину ярусов и варьировали только их высоту, причем разность высот на первый взгляд не очень и заметна. Над вросшей в землю подклетью (пандусом) был поставлен достаточно массивный первый ярус, высоте которого соответствовали апсиды; второй ярус словно бы сжался по сравнению с первым, а третий оказался совсем небольшим, он выполнял функции аттика. По-разному оформлялись и окна ярусов: на первом они украшались наличниками (сандриками) арочными, на втором треугольными фронтонами, а вот окна третьего яруса имели вид восьмиугольников, что лишний раз подчеркивало античность завершения четверика. В декор стен входили гермовидные обрамления оконных проемов, сложные и глубокие карнизы, поребрики и еще множество элементов, исполнение которых было по силам только каменщикам высокого класса.